Bosna và Hercegovina có nhiều cấp độ cơ cấu chính trị dưới cơ cấu chính phủ liên bang. Cấp độ quan trọng nhất trong số đó là sự phân chia quốc gia thành hai thực thể: Cộng hòa Srpska và Liên bang Bosna và Hercegovina. Liên bang Bosna và Hercegovina chiếm hơn 51% tổng diện tích Bosna và Hercegovina, trong khi cộng hòa Srpska chiếm khoảng 49%. Các thực thể, phần lớn dựa trên lãnh thổ được nắm giữ bởi hai bên mâu thuẫn ở thời điểm trước, đã được chính thức thành lập theo thoả thuận hoà bình Dayton năm 1995 vì những thay đổi to lớn trong cơ cấu sắc tộc tại Bosna và Hercegovina. Từ năm 1996 quyền lực của các thực thể so với chính phủ liên bang đã suy giảm mạnh. Tuy thế, các thực thể vẫn có nhiều quyền lực của riêng mình. Quận Brcko ở phía bắc đất nước được thành lập năm 2000 với đất đai lấy từ cả hai thực thể. Nó chính thức thuộc về cả hai, nhưng không nằm dưới sự quản lý của bên nào, và hoạt động dưới một hệ thống chính phủ địa phương phi tập trung. Quận Brčko đã được ca ngợi vì duy trì được một dân số đa sắc tộc ở mức độ thịnh vượng cao trên mức trung bình của quốc gia.[36]

Cấp độ phân chia chính trị thứ ba của Bosna và Hercegovina là các tổng. Chúng chỉ riêng có tại thực thể Liên bang Bosna và Hercegovina, với tổng số mười tổng. Tất cả các tổng đều có chính phủ riêng của mình, và nằm dưới pháp luật liên bang như một tổng thể. Một số tổng có dân chúng đa sắc tộc và có những điều luật đặc biệt được áp dụng để đảm bảo sự bình đẳng của mọi sắc tộc.

Cấp độ phân chia chính trị thứ tư của Bosna và Hercegovina là các đô thị. Liên bang Bosna và Hercegovina được chia thành 74 khu đô thị và cộng hòa Srpska thành 63. Các khu đô thị có chính quyền địa phương riêng của mình, và nói chung dựa trên thành phố hay địa điểm quan trọng nhất của lãnh địa của mình. Như vậy, nhiều khu đô thị có truyền thống và lịch sử lâu dài với các biên giới hiện tại của họ. Tuy nhiên, một số khác chỉ mới được thành lập sau cuộc chiến tranh gần đây sau khi những khu đô thị cũ bị chia cắt bởi Đường Biên giới Liên Thực thể. Mỗi tổng tại Liên bang Bosna và Hercegovina gồm nhiều khu đô thị, và chúng lại được chia thành các cộng đồng địa phương.

Bên cạnh các thực thể, tổng, khu đô thị, Bosna và Hercegovina cũng có bốn thành phố "chính thức". Chúng là: Banja Luka, Mostar, Sarajevo, và Đông Sarajevo. Lãnh địa và chính quyền của các thành phố Banja Luka và Mostar tương ứng với các khu đô thị cùng tên, trong khi các thành phố Sarajevo và Đông Sarajevo chính thức gồm nhiều khu đô thị. Các thành phố có chính quyền của riêng mình và có quyền lực nằm trong mức giữa quyền lực của các khu đô thị và các tổng (hay thực thể, trong trường hợp cộng hòa Srpska).

Như một kết quả của Hiệp định Dayton, sự hoà bình dân sự được giám sát bởi Cao uỷ về Bosna và Hercegovina được lựa chọn bởi Hội đồng Thực thi Hoà bình. Cao uỷ có nhiều quyền lực chính phủ và lập pháp, gồm bãi chức các quan chức lên giữ chức qua bầu cử và không qua bầu cử. Gần đây hơn, nhiều thể chế trung tâm đã được thành lập (như bộ quốc phòng, bộ an ninh, toà án nhà nước, sở thuế gián thu,..) trong quá trình chuyển tiếp một phần quyền tài phán từ các thực thể cho nhà nước.

Đại diện chính phủ Bosna và Hercegovina đại diện bởi giới tinh hoa của ba nhóm chính trong nước, mỗi nhóm đều được đảm bảo một phần quyền lực.

Chức Tổng thống Bosna và Hercegovina được luân phiên giữa ba thành viên (người Bosna, người Serb, người Croat), mỗi người giữ chức trong nhiệm kỳ tám tháng trong nhiệm kỳ bốn năm của họ. Ba thành viên của chức vụ Tổng thống được dân chúng bầu trực tiếp (Liên bang bầu cho người Bosna/Croat, cộng hòa Srpska cho người Serb).

Chức Hội đồng bộ trưởng được Tổng thống chỉ định và được Hạ viện thông qua. Ông hay bà ta sau đó chịu trách nhiệm chỉ định một Bộ trưởng ngoại giao, Bộ trưởng ngoại thương, và những chức vụ khác theo nhu cầu.

Nghị viện là cơ quan lập pháp tại Bosna và Hercegovina. Nó gồm hai viện: Viện Nhân dân và Viện Đại biểu. Viện Nhân dân gồm 15 đại biểu, hai phần ba đại biểu từ Liên bang (5 người Croat và 5 người Bosna) và một phần ba từ cộng hòa Srpska (5 người Serb). Viện Đại biểu gồm 42 thành viên, hai phần ba được bầu từ Liên bang và một phần ba từ cộng hòa Srpska.

Toà án Hiến pháp Bosna và Hercegovina là cơ quan trọng tài tối cao về các vấn đề pháp lý. Nó gồm chín thành viên: bốn thành viên được lựa chọn bởi Viện Đại biểu của Liên bang, hai bởi Quốc hội cộng hòa Srpska, và ba bởi Chủ tịch Toà án Nhân quyền châu Âu sau khi tư vấn Tổng thống.

Tuy nhiên, quyền lực chính trị cao nhất nước là Đại diện cấp Cao tại Bosna và Hercegovina, lãnh đạo quan chức hành pháp cho sự hiện diện nhân quyền quốc tế tại quốc gia. Từ năm 1995, Đại diện cao Cấp đã có thể bỏ qua nghị viện được bầu, và từ năm 1997 đã có thể loại bỏ các quan chức được bầu. Các biện pháp được Đại diện cao Cấp lựa chọn đã bị chỉ trích là phi dân chủ.[37] Sự giám sát quốc tế sẽ chấm dứt khi đất nước này ổn định về chính trị và dân chủ và có khả năng tự duy trì.